万葉時代、斉明天皇が紀の湯（白浜町）に行幸の際、この地を訪れ創建。古代から中世にかけて、熊野三山へ参拝する上皇・天皇が宿泊された。

19歳という若い命を藤白坂に散らした『日本書紀・斉明天皇紀』万葉の悲劇の貴公子、有間皇子神社を祀り、毎年11月11日に有間皇子まつりを斎行。元旦には熊野詣でが盛んな頃神前で奉納された里神楽が起源とも言われている藤白の獅子舞（県無形文化財）が、開催されている。

藤白王子権現本堂には熊野本地仏が祀られており、子授け・安産・健康・長寿の神様として、今も厚い信仰を集めています。