天文9年（1540年）に亀山城主であった湯川直光によって吉原（現美浜町吉原）に建立。これが吉原坊舎と称された。後の天正13年（1585年）に豊臣秀吉の進攻によって吉原坊舎は焼かれ、湯川一族は本尊を持って熊野に逃れるが翌年には日高に戻り薗浦の椿原に仮堂「薗坊舎」を建てた。

文禄4年（1595年）紀伊国主浅野家重臣・佐竹伊賀守の尽力によって薗浦と島村の荒野を開き、薗坊舎を移し日高坊舎を建立した。これが現在の日高別院である。以来「御坊さん」と呼ばれ、御坊市の名の起源となりました。文政8年（1825年）に現在の本堂が再建され、1877年（明治１０年）本山より本願寺日高別院の称号をうけ現在に及んでいる。

また、境内には県の天然記念物に指定された樹齢400年あまりのイチョウの巨木がそびえており、御坊幼稚園も併設されています。